本发明公开了一种用于外泌体分离的微流控芯片及外泌体分离方法，包括芯片本体，所述芯片本体上间隔分布的捕获腔室、第一油腔、洗涤腔、第二油腔和回收腔；所述捕获腔室、第一油腔、洗涤腔、第二油腔和回收腔均通过微门连通；所述捕获腔室和回收腔的底部均连通气体通道，所述空气流道，用于将外部气体输送至捕获腔室或回收腔中。本发明公开的装置将气泡微混合器与非混溶相技术结合，实现磁珠和样品的高效率混匀，替代传统的手动移液器吹打混匀，解决非混溶相技术难以实现自动化混匀的问题，降低试剂和样本被污染风险，提高了获取的外泌体的纯度。