本发明提供了一种基于计算机视觉的多重免疫荧光图像分析系统包括：采集模块，用于采集荧光图像，处理模块，用于将所述荧光图像输入到预设HSV空间中进行颜色转换，得到HSV荧光图像，分析模块，用于在所述HSV荧光图像上提取细胞轮廓，得到若干个细胞子图像，执行模块，用于分别解析每一所述细胞子图像，得到每一细胞子图像对应的细胞特征，根据所述细胞特征生成细胞检测结果，通过利用HSV空间可以直观的反映荧光图像的明暗和色调的优点来分析荧光图像，从而确定荧光图像上每一细胞对应的细胞特征，从而建立了细胞检测结果，利用计算机视觉代替了肉眼观察，提高了检测结果的可信度，也加快了检测的效率。