本发明涉及燃料电池系统。在热交换介质的介质出口温度(Tco)为阈值温度(Tth)以上的情况下，对燃料电池堆(18)的介质流路(60)以既定流量供给所述热交换介质，另一方面，在热交换介质的介质出口温度(Tco)小于阈值温度(Tth)的情况下，伴随着介质出口温度(Tco)的降低，从所述既定流量起降低并进行供给，由此在燃料电池堆(18)内的阳极流路(59)与介质流路(60)的压差不会增大，能够适当地保护燃料电池堆(18)。