本发明公开了一种反渗透膜含酶清洗药剂及制备方法，包括清洗剂A和清洗剂B；清洗剂A按质量份数计，包括复合酶1～2份、酶稳定剂0.01～0.05份、三乙醇胺1～2份、非离子表面活性剂0.5～1.5份、pH助剂5～10份、消泡剂1～3份和水100～120份；清洗剂B包括氢氧化钠1.0～1.2份、亚硫酸钠1.8～3份、脂肪醇聚氧乙烯醚1.5～2.2份、异噻唑啉酮0.5～1份、膜修复剂1.0～1.2份、聚乙烯亚胺0.5～1份和水150～200份。本发明利用复合酶将反渗透膜中大部分高分子有机类污染物分解为易于去除的小分子物质，实现蛋白、腐殖酸类等有机污染物的高效去除，防止复合酶在反渗透膜表面吸附。