基于频率选择的精密运动平台运动轨迹规划系统及方法，属于精密运动平台技术领域。轨迹生成器输出参考S曲线；参考S曲线经柔性系统获得系统输出，柔性系统的共振频率以及系统输出的残余振荡信息共同提供给轨迹生成器以修正参考S曲线。方法如下：确定参考S曲线的阶次；设计含参S型运动轨迹并获得轨迹含参零点；确定S型运动轨迹的参数；判定参数是否合理；判定残余振荡是否满足要求，确定运动轨迹设计标准。本发明解决了传统精密运动平台运动轨迹规划参数设计仅着眼于运动轨迹的几何光顺忽略了被控对象的柔性特性的问题，且不需要添加额外的减震装置，减少了整体重量，降低了经济成本。