本发明公开了一种基于各机组碳排放配额指标的全厂发电负荷优化分配方法及系统，属火力发电行业的二氧化碳减排应用领域。利用全厂各机组历史运行数据获取碳排放特征，包括全厂包含的机组当年的CO2供电配额量、各机组运行工况的最大碳排放强度及各台机组当前已实际发生的CO2供电排放量，基于上述参数获取全厂当年剩余时间的平均供电碳排放强度裕量，再根据设定条件获取当年度的碳排放配额和已利用配额，建立各机组在满足全厂总负荷要求条件下最小程度地耗用二氧化碳配额的决策方法，确保电厂不会出现二氧化碳超排情况，因此该方法能够解决电厂无法有效利用各机组的碳排放特征最大化利用机组潜力进行负荷分配并实现碳减排工作的问题。