本发明公开了基于流式荧光的数字核酸检测微流控芯片，属于医疗器械领域，依次设有相互连通的数字化区域、扩增区域以及检测区域，数字化区域设有多个进液口、微滴生成结构以及混合流道，微滴生成结构包括多个进液流道，每一进液流道与一进液口连通，多个进液流道交汇于一点使多个进液流道内的液体碰撞产生微滴，微滴生成结构通过混合流道与扩增流道连通，扩增流道与检测区域连通，微滴生成结构产生的微滴进入混合流道进行混匀，混匀后的微滴在扩增流道中流动扩增，扩增后的微滴进入检测区域进行检测，本申请在一个芯片上实现样本数字化、数字化样本扩增和扩增后的数字化样本的检测，全封闭、无污染，整体流程连续进行，时间短。