本发明公开了一种纯水中痕量硅含量的测量系统及方法，水样输入管道的出口与盐酸输入管道的出口通过管道并管后与第一反应器的入口相连通，钼酸铵输入管道的出口与第一反应器的入口相连通，第一反应器的出口与树脂柱的入口相连通，洗脱液NaOH输入管道的出口与树脂柱的入口相连通，还原剂L‑抗坏血酸输入管道的出口与树脂柱的出口通过管道并管后与第二反应器的入口相连通，第二反应器的出口与检测器的入口相连通，检测器的出口与排水管道相连通，该系统及方法能够测量纯水中痕量硅含量，且具有成本低、准确性高及检测效率高的特点。