本发明公开了一种基于无损处理的心脏医疗影像自动分割方法，属于医疗影像分析领域。本发明技术方案的要点包括：通过在图像外围填充像素的方式将待分割心脏医疗影像分辨率放大，输入粗糙分割网络得到粗糙分割结果并去除填充，找到粗糙分割结果的心脏中心点坐标，在待分割心脏医疗影像上以心脏中心点坐标为中心作固定大小裁剪并记录裁剪位置，将裁剪的心脏区域医疗影像输入分辨率一致网络得到心脏区域分割结果，把该结果填充到初始化分割结果的相同裁剪位置得到最终分割结果。本发明可以避免卷积神经网络中的池化操作损失像素信息、调整大小操作损坏医疗影像数据的问题，提升心脏医疗影像分割任务的准确度，方便医生对心脏疾病的诊治过程。