本发明提供一种多源数据融合的微电网群故障诊断方法和装置，包括：根据微电网群正常运行时的节点时序负荷矩阵，确定微电网群的子微网和节点包含关系；根据微电网群临近故障时的节点时序负荷矩阵，确定微电网群的子微网连接关系变化；基于子微网和节点包含关系和子微网连接关系变化，确定微电网群拓扑特征；根据MPNN网络模型、微电网群故障时的节点录波电流以及微电网群拓扑特征，确定微电网群故障诊断结果；MPNN网络模型，是利用微电网群故障样本数据集训练的，用于实现不同微电网群拓扑以及不同节点状态矩阵下的微电网群故障定位和故障类型识别。本发明通过多源数据融合的微电网群拓扑精确辨识，极大提升了微电网群故障诊断的效率。