本发明涉及一种大吨位沉船跨泥‑水介质整体打捞过程安全性评估方法及系统，所述方法包括以下步骤：S1、进行现场土工试验测定土体参数；S2、进行沉船实船网格建模，输入土体参数进行土体流固耦合模拟，经过数据处理获得沉船底质力荷载；S3、基于线性势流理论、Cummins方程及沉船底质力荷载计算驳船实时六自由度运动响应，并根据不同打捞状态，实时更新水面水动力学参数与波浪载荷响应系数，获得沉船水动力力荷载；S4、基于集中质量法、莫里森方程及驳船实时六自由度运动响应，求解打捞系统系泊缆受力时历；S5、求解打捞系统系泊缆危险张力时历，进而判别危险点。有益效果是拓展海上作业窗口期、提高工程经济性、保证打捞作业安全。