本发明公开一种土壤线虫筛分装置及其控制系统，涉及线虫筛分的技术领域，包括机架、喷淋机构、筛分机构、负压机构、分离辅助装置、接样机构、分离辅助装置和用于控制喷淋机构、负压机构、分离辅助装置、接样机构与分离辅助装置运行的控制系统。本发明结构简单、使用方便，通过在贝尔曼漏斗法的基础上增设筛分机构、喷淋机构、负压机构、接样机构和分离辅助装置，在筛分线虫时筛网不易堵塞、筛分效率高，并且在筛分时其筛分温度、湿度、光照、压力均可调，可提供不同筛分环境，有效的保证筛分出的虫体的活性。