本发明涉及一种带有风阻制动系统的高速磁悬浮列车制动控制方法，包括以下步骤：为风阻制动系统和涡流制动系统设定工作模式，基于风阻和涡流制动系统的状态确定列车的制动工况；设定多个连续的速度区间；确定列车制动初速度和制动过程中的列车运行速度所属的速度区间；基于列车的制动工况、列车制动初速度和制动过程中的列车运行速度所属的速度区间，分别调整风阻制动系统和涡流制动系统的工作模式，以降低列车制动过程中在各速度区间的减速度波动。本发明使得风阻制动能与高速磁悬浮列车上既有的涡流制动系统相配合，在保证满足制动减速度要求的前提下，有效降低了全速度区间制动减速度的波动，实现了全速度区间制动减速度基本恒定。