本发明公开了一种改性聚丁二酸丁二醇酯共聚酯的制备方法。该制备方法以羟基脂肪酸或二元酸为改性剂，依次通过一次酯化反应、二次酯化反应、预缩聚反应、终缩聚反应，得到改性聚丁二酸丁二醇酯共聚酯。其中，第一次酯化反应在较低温度下进行，避免了原料1,4‑丁二醇在高温下环化生成环状副产物，有效降低了原料1,4‑丁二醇的消耗，通过在聚合过程中使用有机开环催化剂，避免了有毒金属化合物的使用，从而解决现有技术中存在的问题，本发明所述的方法不仅操作简单，适用范围广，易于工业化实施，且得到的产品质量稳定，特性粘度高，品质好。