本发明属于生物医药技术领域，公开了一种自噬激活的间充质干细胞外泌体、其制备方法及应用。本发明的自噬激活的间充质干细胞外泌体采用雷帕霉素培养激活。本发明直制备的自噬激活的间充质干细胞外泌体具有更强的免疫抑制功能，优于未诱导自噬激活的外泌体，将所述自噬激活的间充质干细胞外泌体在制备治疗和/或预防系统性红斑狼疮药物中应用，能够显著降低狼疮血清抗dsDNA抗体、ANA水平，降低尿蛋白水平，改善狼疮肾脏病理，减少肾脏免疫复合物沉积。为干细胞外泌体应用于系统性红斑狼疮的临床治疗提供了有力工具。