本发明属于上位机监控系统领域，提供上位机监控系统CID文件增量式编译方法、系统及设备，包括：S1，获取LCU装置下的测点产物信息列表；S2，遍历测点产物信息列表中所有测点产物，若当前测点产物存在于虚拟测点表中，则删除测点产物信息列表的当前测点产物；虚拟测点表是将预先在上位机监控系统界面组态上挑选的测点产物插入预先建立的虚拟测点表得到；S3，从测点产物信息列表挑选测点产物并插入虚拟测点表，按照索引递增的规则分配固定索引值；将挑选的测点产物从测点产物信息列表删除；S4，以虚拟测点表中测点产物编译生成CID文件。本发明解决了测点增删导致的关联失效及频繁更新上位机监控系统后台数据库的难题。