本发明公开了一种航空发动机的故障识别方法及系统，属于航空工业领域，其中方法包括：对飞行工况进行划分，构建粒度工况集合；提取发动机信号特征数据，生成基础特征数据集合，构建平滑标识；获得识别精度因子，生成需求约束，将需求约束和子网络同步发送至加密单元进行网络优化，完成粒度识别子网络构建；提取发动机的振动特征、声音特征和温度特征信号，根据提取结果构建异常识别数据库；通过粒度识别子网络和异常识别数据库进行发动机故障识别，生成故障识别结果。本申请解决了现有技术中发动机工况变化多样导致发动机故障识别精度和效率不高的技术问题，达到了针对不同工况提高发动机故障识别准确度和效率的技术效果。