本发明公开了一种蜂窝状肺CT图像自动分割方法及系统，涉及图像分割技术领域。包括：对CT图像数据进行预处理，建立包括编码器、解码器和跳跃连接的SAA‑Unet模型，对模型进行训练，更新模型参数，获得训练好的SAA‑Unet模型，对训练好的SAA‑Unet模型进行性能评估，获得最终的SAA‑Unet模型，输出分割好的具有蜂窝状肺部病灶区域的CT图像。本发明有助于提高网络对蜂窝状肺部CT图像病灶区域的高层次特征描述能力，获得更多的细节特征，取得更好的分割性能。