本发明属于电力电子控制技术领域，提供了一种多电平逆变器的减共模模型预测控制方法及系统。其中，多电平逆变器的减共模模型预测控制方法包括判断参考电压所属的三角形扇区，计算出三个零共模矢量的状态组合及占空比；筛选出三个零共模矢量的占空比的最大数值，以占空比最大数值所对应的零共模矢量为中心形成一个两电平正六边形扇区，将位于六边形六个顶点的矢量及占空比最大数值所对应的零共模矢量均存储至减共模矢量集合中；从减共模矢量集合中筛选出一个最佳减共模矢量来跟踪参考电压。其不需要提前输入诸如数值表等，采用在线计算的方式即可完成控制目标。