本发明提供一种六氟化铀取样容器的清洗方法及系统。所述清洗方法应用于六氟化铀取样容器的清洗系统，所述清洗系统包括加热装置、净化装置和清洗烘干装置，所述方法包括：按照预设温度和预设加热时长，使用所述加热装置对六氟化铀取样容器进行加热，得到加热后的取样容器；利用所述净化装置将所述加热后的取样容器内的六氟化铀倒空，得到净化后的取样容器；按照预设浸泡时长，利用所述清洗烘干装置和配置好的浸泡溶液对所述净化后的取样容器进行浸泡，得到浸泡后的取样容器；利用所述清洗烘干装置对所述取样容器进行清洗烘干，得到可使用的取样容器。本发明具有操作流程简单、有利于降低劳动强度和清洗废液产生量少的优点。