本发明公开了一种机载电子设备软件加载方法、装置、存储介质及飞行器，所述机载电子设备软件加载方法包括：当飞行器上的电子设备启动时，根据加载标识确定电子设备的功能软件的加载状态；在非加载状态下，若接收到地面加载设备发送的加载指令，则对加载指令进行校验，在校验通过后，重置加载标识，重启电子设备；若所述加载状态为初始加载状态或更新加载状态，则接收地面加载设备发送的数据包，对数据包进行校验，在校验通过后加载数据包，并清空加载标识。本发明所提供的技术方案能够解决现有技术中机载电子设备加载软件时未考虑飞行器的安全性的技术问题。