本发明公开了高速公路事故瓶颈下可变限速与入口收费站协同控制方法，包括以下步骤：获取高速公路、收费站、入口匝道和交通事故的静态和实时动态数据；根据交通事故场景、主线与入口匝道交通状态，判定是否满足协同控制的实施条件；满足条件下，实施高速公路事故瓶颈下可变限速与入口收费站协同控制；判定是否满足结束控制条件；满足条件下结束控制，否则下发可变限速控制方案和入口收费站控制方案。本发明根据事故瓶颈区域的交通状态，周期性调整主线路段限速值和入口收费站控制方案，最大限度地缓解事故引发的交通拥堵状况，为高速公路交通事故下的主线与匝道车辆控制提供了新方法。