本发明公开了一种应对信息交互异常的后备保护方法及系统，属于电力系统继电保护技术领域。本发明在收到通信通道告警信号后，根据告警信号是否来源多路设置相应的动作延时，将保护安装处的测量电压、电流经相同滤波处理后，进行选相计算，根据选相结果计算工作电压和极化电压，若极化电压高于门槛值，则比较工作电压和极化电压的极性，若极性不同则为区内故障，保护延时动作；若极化电压不高于门槛值，建立微分方程组，通过解微分方程获得故障距离，若故障距离小于门槛值，则为区内故障，保护延时动作。本发明能够应对本站与相邻变电站信息交互异常的工况，为本站与相邻变电站间的线路及其他出线提供后备保护，并有效提高保护系统的安全稳定裕度。