本发明提供了一种基于无人机巡检的薄壳山核桃病虫害监测系统，与现有技术比较，本发明还包括对薄壳山核桃种植区内以预设途径进行巡检作业的无人机、设置于无人机上以对无人机所巡检的薄壳山核桃果树进行图像拍摄的摄像装置、接收图像并且对图像进行分析以判断薄壳山核桃果树的病变情况的判断模块、将底部插入至土壤以将治疗药剂渗入地面底下供薄壳山核桃果树的根部进行治疗药剂吸收的治疗药剂渗入模块、对薄壳山核桃果树进行喷洒的喷洒模块、和为所述渗入单元和喷洒单元进行治疗药剂定向输送的输送模块。本发明系统能够准确地判断薄壳山核桃果树的病虫害类型，从而及时采取相应的防治措施。