本发明涉及牡丹肽提取技术领域，具体地说，涉及一种牡丹抗氧化肽提取方法及其用途。其包括以下步骤：洗净牡丹籽后，将牡丹籽置于双蒸水中并加热绞碎至籽颗粒后，经静置产生预提取液；滤除预提取液中的固体颗粒杂质，再向预提取液中投加混合酶进行水解以产生酶解液；对酶解液进行超声辅助萃取后，酶解液进行静置分层，去除其沉淀层后并保留酶解液剩余部分；对酶解液剩余部分进行高温灭酶后滤除絮凝杂质，再经冷冻干燥制得牡丹多肽产物。本发明中对预提取液进行初步滤杂后，投加混合酶先后经两次酶解反应，破坏蛋白质结构，促进水解反应，再经过超声辅助萃取进一步促进蛋白质分子向肽的转化生成牡丹抗氧化肽。