本发明涉及变电站二次回路故障定位检测技术领域，尤其涉及一种变电站二次回路故障智能诊断定位系统及方法，通过设置电压输出模拟通道、电流输出模拟通道、开出量输出模拟通道、开入量采集通道和主控单元，实现了该诊断定位系统与IEC61850主站客户端和变电站保护‑测控装置构成一套收、发信号可控的闭环硬件结构，该结构可利用诊断定位系统对变电站保护‑测控装置的二次回路故障信号进行模拟，智能确定变电站保护‑测控装置二次回路故障位置及故障类型，可有效对变电站保护‑测控装置二次回路的虚接、短路、换相等各种故障进行准确定位，解决现有技术中存在的变电站二次回路故障检测定位区分不准确，难以快速排除的故障，导致故障检修效率低的问题。