一种疾病发生概率预测方法及疾病发生概率确定系统，涉及人工智能技术领域。在该方法中，获取患者的实时医疗数据；对患者的实时医疗数据进行预处理得到待分析医疗数据；将待分析医疗数据输入待预测疾病对应的预设疾病发生概率预测模型；预设疾病发生概率预测模型包括若干个模态编码器、若干个门控单元以及若干个分类器；调用与待分析医疗数据内包含的模态特征匹配的编码器、模态缺失情况对应的门控单元和分类器，进行预测得到待预测疾病的疾病发生概率值。实施本申请提供的技术方案，能够当患者临床检测的医疗数据不全面时，准确地预测得到患者潜在疾病的发生概率。