本发明公开了一种中后置式导航电动杂交水稻制种两行父本插秧机及其方法，属于水稻插秧机领域。该插秧机包括驱动系统、行走系统、导航系统、插秧作业系统和升降系统。其中插秧作业系统包括设置于后机架前方的前插秧作业系统和设置于后机架后方的后插秧作业系统，两者呈镜像对称。导航系统对插秧机完成路径设定、航向微调和地头转向。驱动系统差速地控制行走系统各车轮的电机转速，并与转向系统配合，实现插秧机的航向调整和地头转向运动。升降系统控制插秧作业系统的垂直高度和插秧深度，插秧作业系统实现两行杂交水稻父本垄上的大小秧苗呈“品”字型分布，使得大秧苗和小秧苗间隔分布，有利于秧苗的生长、发育和产量。