本发明公开了一种分布式高速信号收发系统的时钟同步方法、装置及介质，本发明在进行时钟同步时，将本地端发送到远端的同步信号再环回到本地端进行比对，通过信号对比来实现延迟补偿，可在整个系统中形成一个分布式工作的锁相环路，基于此，不仅可将同步所需的参考时钟信号与秒脉冲信号从本地端复制到远端，而且还可保证两端所使用时钟同步信号的相位和频率的一致性；如此，可保障系统中各节点进行数据采集的同步性；由此，本发明无需传统方式来实现时钟同步，避免了传统方法所存在的容易造成信号质量下降、精度下降以及易受GPS信号影响的问题，同时，也无需增加额外的功分器、延迟线、GPS天线以及其他硬件，从而可降低整个系统