本发明公开了一种批次式绿肥种子擦种机，其包括机架，机架上安装有进料部件、擦种部件、筛种部件以及出料部件；擦种部件包括圆筒状的擦种筒以及置于擦种筒内的擦种部件，擦种筒能够相对于机架旋转；筛种部件为与擦种筒衔接且同轴布局的筛种筒，筛种筒的外表面形成有筛孔；擦种筒与筛种筒两者的衔接位置处安装有螺旋输送器；擦种部件能够在擦种筒内活动，并能经由螺旋输送器进入筛种筒。本发明中，擦种筒与筛种筒在一个圆筒的两端，一筒两用，利用螺旋输送器能够在两筒体之间输送物料同时防止一个筒体作业时物料进入另一筒体，结构简单、成本低、体积小。通过擦种球进行擦种，并在擦种完成后将绿肥种子筛出使擦种球留在筛种筒内，可提升擦种效率。