本公开提出了一种水电机组多控制器的切换方法及装置，涉及水电机组技术领域，包括：确定当前控制器与目标控制器之间待交换的控制器数据；基于所述控制器数据进行数据建模，以得到与所述控制器对应的第一数据模型；将所述第一数据模型发送给所述目标控制器，并接收所述目标控制器返回的第二数据模型；根据所述第二数据模型，判断所述目标控制器是否出现异常；若所述目标控制器为异常，则将所述控制器作为主控制器。减少了控制器切换的中间环节，且能实时监测信号回路，具备切换简单可靠、切换速度快等特点，极大的解决了当前调速器双套控制器切换存在的问题，大大的降低了回路断线、切换中间过程量不可控等风险。