本发明提供了一种海产调味基料的制备方法及其制备方法，该制备方法包括：对海产原料进行酶解处理，制备酶解清液；对酶解清液进行鲜味氨基酸和鲜味肽多级等电点分离，制备调味基料A和上清液A；对上清液A进行生香处理，制得调味基料B；混合调味基料A和调味基料B，制得海产调味基料；首先使用复合酶对海产原料进行酶解，能够提高酶解液中鲜味多肽和鲜味氨基酸的含量；然后根据鲜味肽、谷氨酸和天冬氨酸与其他类氨基酸和多肽的等电点的差异，对酶解清液进行鲜味氨基酸和鲜味肽多级等电点分离，以将鲜味氨基酸和鲜味肽由酶解清液中分离出来，可提高最后制得的海产调味基料中鲜味氨基酸和鲜味肽的含量，提升海产调味基料的鲜度。