本发明公开了一种用于光纤电流互感器的数据有效性分析方法及系统，方法包括：根据光纤电流互感器的温度参数、功率参数、电流电压参数和补偿参数确定与光纤电流互感器的电流比差的关联性大于阈值的至少一个目标状态量；获取包含至少一个目标状态量的监测数据，并将监测数据输入至预设的贝叶斯优化的GBRT模型中，得到光纤电流互感器的电流比差的预测值；判断光纤电流互感器的电流比差的预测值是否在预设范围内；若光纤电流互感器的电流比差的预测值在预设范围内，则光纤电流互感器正常，否则异常。直接利用训练好的模型代入数据集去预测电流比差数据，有效的避免了光纤电流互感器的电流比差的测量过程。