本发明提供了含儿茶酚基团化合物在制备杀灭鱼类寄生原虫药物中的应用。本发明首先通过急性毒性试验明确槲皮素、咖啡酸、绿原酸和木犀草素的安全使用浓度，再分别取每种化合物安全浓度范围内的不同浓度梯度，探索不同化合物对于多子小瓜虫幼虫的杀灭效果以及对于多子小瓜虫包囊孵化率的抑制效果，最后选取具有较强的包囊孵化抑制作用的咖啡酸和木犀草素，进一步验证二者对于在体多子小瓜虫的抑制效果。经试验获知，槲皮素、咖啡酸、绿原酸和木犀草素，对金鱼感染多子小瓜虫具有良好的防治效果，本发明为鱼类寄生虫病的防治提供一种安全高效的防治途径。