本发明公开一种用于控制箱型结构焊接变形的焊接方法及焊接系统，焊接方法包括将第一侧板和第二侧板相对间隔固定装夹且下端均置于底板上，从内侧分别对底板与两个侧板的结合处进行满焊，将盖板固定装夹置于第一侧板和第二侧板的上端，分别对盖板与两个侧板的结合处进行点焊以形成第一预装箱型结构，在第一预装箱型结构的内腔分别对第一侧板和第二侧板进行贴合支撑装夹，从外侧分别对底板、盖板与两个侧板的结合处进行满焊以形成第二预装箱型结构，从第二预装箱型结构的内侧分别对盖板与两个侧板的结合处进行满焊以形成成品箱型结构，则无需通过设置工艺板即可完成箱型结构的焊接，并且本发明中的贴合支撑装夹方式明显能够控制更大区域的变形。