本发明公开了一种微蛋白MMAP及其在线粒体分子标志物中的应用。该微蛋白MMAP是由非编码RNA LncPRXL2B所编码的微蛋白，其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示，编码基因序列如SEQ ID NO.2所示。本发明中的微蛋白MMAP能够定位于线粒体上，因此可将其作为线粒体生物标记物用于分析线粒体形态，还可以用于诊断或辅助诊断线粒体功能障碍相关疾病，如阿尔茨海默病、帕金森病、糖尿病、癌症、老年疾病和免疫缺陷综合征等。