本发明涉及工业自动化技术领域，公开了一种可信分散控制系统上位机多节点数据在线同步方法及系统，读取当前节点配置文件，获取当前节点配置文件的目录信息，同时获取系统内其他节点信息；根据目录信息初始化文件信息项列表；根据其他节点信息生成其他节点列表；创建文件同步线程和心跳线程，分别用于与其他节点列表中的节点进行定期文件同步及节点通讯连接心跳判断，开启以上线程，完成周期性数据同步及文件信息同步。本发明能够高效的完成周期性数据同步与更新。