本发明涉及微生物培养方案技术领域，特别是一种微生物修复过程中的微生物培养方案推荐方法及系统。通过t‑SNE算法对各数据库中的实时土壤养分数据进行降维处理，得到各实时土壤养分数据在低维空间中对应的坐标值；利用层次聚类法对各数据库中实时土壤养分数据进行聚类处理，得到若干个实时子土壤养分数据集；将各实时子土壤养分数据集与相应的预设子土壤养分数据集进行比较，得到异常土壤养分；根据各监测点中土壤的异常土壤养分生成各监测点中微生物的培养方案，并将各监测点中微生物的培养方案推荐至预设平台上显示。通过本方法能够根据土壤养分情况制定出相应的微生物培养方案，并且将相应的微生物培养方案推荐至用户端。