本发明涉及污染治理调控技术领域，特别是一种微生物修复过程中土壤微生物菌群调控方法及系统，构建决策树模型，并通过所述决策树模型对初步处理后的特征数据进行进一步处理，得到若干个由各种特征数据组成的特征数据簇族；获取各特征数据簇族的DBI指数，根据所述DBI指数来衡量初始聚类结果的聚类效果，并根据聚类效果对初始聚类结果进行修正，得到最终聚类结果；根据所述平均特征数据对该修复场地进行评估出修复场地的调控方案。通过本步骤能够对聚类结果的可靠性进行评估，有效确保聚类数据的可靠性，避免所得到的聚类数据出现聚类错误现象，确保所制定调控方案的可靠性，进一步提高调控效果。