本发明涉及一种基于大数据分析的微生物修复方案生成方法及系统，本发明通过根据候选的微生物推荐物种信息的预估存活率数据信息生成目标区域中每个子区域的预估微生物修复方案，并获取预设时间之内目标区域的污染迁移特性信息，最后根据预设时间之内目标区域的污染迁移区域信息以及目标区域的污染特征数据信息获取污染迁移预估模型图，并基于污染迁移预估模型图以及预估微生物修复方案生成最终的微生物修复方案。本发明通过融合目标区域中的历史气候特性来对微生物的修复方案进行调整以及通过根据污染迁移的深度对微生物种类的存活率进行评估，使得微生物的物种类型符合目标区域的气候特性，从而提高了修复效率。