本发明涉及生物信息学技术领域，公开一种基于三代测序数据的肿瘤新抗原预测方法及系统，包括：接收样本的第三代全外显子测序数据；接收样本的HLA分型信息；对第三代全外显子测序数据进行映射和注释；根据注释和转录本信息，对样本进行结构变异分析；根据注释和转录本信息以及结构变异信息，对样本进行SNP分析；根据肿瘤样本的SNP信息和对照样本的SNP信息，得到特异性多肽信息；根据特异性多肽信息和肿瘤样本的HLA分型信息，对肿瘤样本进行NetMHCpan分析，以预测肿瘤新抗原。本发明充分利用了第三代测序技术的优势，针对肿瘤样本的特异性多肽进行肿瘤新抗原预测的精度高、准确性好，能为社会带来巨大的经济价值。