本发明公开了一种鉴定奶牛的乳脂量和乳蛋白率的方法及其使用的引物对。该方法为检测待测奶牛基于C655T SNP位点的基因型，基于C655T SNP位点的基因型为CC纯合型的奶牛的乳脂量 基于C655T SNP位点的基因型为TT纯合型或CT杂合型的奶牛的乳蛋白率，C655T SNP位点为奶牛基因组中SEQ ID NO:1自5’末端起第655位的核苷酸。实验证明，根据奶牛基于C655T SNP位点的基因型可以鉴定乳脂量和乳蛋白率。本发明具有重要应用价值。