本发明公开了一种基于因果推断的流程时间异常根因追溯分析方法与系统，包括：1)业务理解与日志预处理；2)生成案例超时因果假设，确定潜在原因；3)案例超时原因检验；4)因果关系假设检验；5)生成事件超时因果假设，确定潜在原因，检验因果关系；6)超时根本原因分析。本发明为业务流程面临的超时风险提供了一种基于因果推断的流程时间异常根因追溯分析方法与系统，将事件超时作为案例超时的潜在原因，将日志属性与研究对象的同时段工作负载作为潜在原因，将是否超时作为判断结果，采用因果推断的方法分析案例和事件的超时原因，最终将分析结果可视化。本发明给出了业务流程案例和事件的超时原因，有利于超时风险的预防和避免。