本发明提供了一种用于深潜器推进器的故障诊断系统及方法，涉及深潜器推进系统故障诊断技术领域，包括：外箱体、显示屏、键盘和电气设备，外箱体具有上盖和与上盖的一端连接的盒体，显示屏内嵌于上盖中，键盘位于盒体上表面，盒体内部具有电气设备，电气设备包括：电源模块、稳压电源、降压模块、上位机、通讯模块、电压输出模块、电流电压采集模块；电压输出模块、电流电压采集模块和转速采集模块通过通信模块与上位机相连；电压输出模块、电流电压采集模块和转速采集模块分别与推进器连接。本发明的技术方案克服现有技术中深潜器推进器故障诊断系统不能适应复杂气候条件，以至于无法进行高精度、高效率的故障诊断的问题。