本发明公开了一种隧道涌水淹没‑抽排水后的结构安全评价方法及系统，其中方法步骤包括：获取被涌水淹没，并排抽水后隧道的结构参数；基于结构参数，对待评价隧道进行结构承载能力评价，得到评价结果；当评价结果满足结构承载能力要求时，对待评价隧道进行结构服役性能评价。本发明可以实现隧道涌水淹没‑抽排水后结构安全性能的科学评价，评价过程中将结构安全分为承载能力与服役性能两个方面，并进行主次分离，单独逐次评价定级，进而为后续结构处治措施的制订与实施提供理论依据。