本发明公开一种运用马氏距离和ISS特征点的三维点云数据水印方法，包括运用马氏距离的零水印方法和运用ISS特征点的数字水印方法。首先，利用马氏距离的尺度不变性，计算点云数据的马氏距离以构建特征矩阵与水印信息异或运算生成零水印；其次，提取点云数据的ISS关键点作为特征点；最后，以X和Y坐标作为索引，将水印信息嵌入到特征点的颜色信息上。利用马氏距离的尺度不变形和ISS特征提取的稳定性，本方案的鲁棒性得到了增强。本发明在确保点云数据坐标无损性的同时具有较大的水印容量，并且对于常见的几何攻击、简化攻击、裁剪攻击、重排序和噪声等攻击具有良好的鲁棒性。为三维点云数据的版权保护提供了一种新的解决方案。