本发明提供一种遗传FISH样本阅片的处理方法、系统、设备及介质；本发明通过研发一套遗传FISH从属项目智能结果录入管理系统，并与KMCS实验室子系统打通，实现实验室遗传FISH自动阅片、从属项目结果全数字化制作管理，并将做好的FISH从属项目自动生成规定大小的结果图片同步至KMCS实验室子系统，自动化流程可以大大提高阅片的处理效率。立体检测和图像处理算法可以迅速捕捉样本的图像信息，识别探针信号并定位荧光标记探针，加速了数据的采集和分析过程。