本发明提供了一种基于航标姿态自适应的水深在线监测方法及装置，所述方法包括以下步骤：根据航标及测深仪的姿态，自动调整测量得到航道关键点位的实时水深数据；其中，所述测深仪活动设置于所述航标；基于所述航道关键点位的历史水深数据，建立航道关键点位与航道面水位之间的变化关系；基于所述航道关键点位的实时水深数据和航道关键点位与航道面水位之间的变化关系，利用预设的插值法进行航道数据插值计算，得到航道面实时动态水深数据。通过将测深仪活动设置于航标，使得测深仪可以自由摆动，通过转动一定角度，扩大其监测范围，可实现实时动态的航道地形水深测量，具有实时性强、监测范围大、无需人工干预等优势。