本发明公开了一种兽用天然复合抗菌剂及其制备方法，本发明属于兽用药物技术领域，特别涉及一种含绿原酸、异绿原酸等天然活性产物的兽用抗菌剂。所述抗菌剂以质量分数计的原料的配方如下：绿原酸50~60份、异绿原酸20~30份，生姜叶提取物20~30份。本发明所提供的兽用天然复合抗菌剂组分之间具有协同增效作用，对大肠杆菌的抑制效果优于环丙沙星，与诺氟沙星和洛美沙星的抑菌效率相当。对金黄色葡萄球菌的抑菌效力均优于三种常用抗生素，且不会在牲畜家禽体内产生残留以及抗药性。本专利所开发的复合抗菌剂具有完全或部分替代兽用抗生素的作用。