本发明公开了一种有砟铁路轨道平顺性捣固方法、系统及可存储介质，涉及捣固施工技术领域，包括以下步骤：以轨道控制网为依托，利用惯导小车测量轨道偏差值，获取CPⅢ测量数据；对捣固车GVA系统进行升级改造，将CPⅢ测量数据批量导入至改造后的GVA系统，引导捣固作业；基于惯导小车测量的轨距偏差量进行轨距调整，获得符合设计要求的轨道，完成捣固作业。本发明无需人工输入起拨道数据，避免人工输入错误，可通过图形、数据比对形式直观反映作业情况，施工工效大幅提高，施工成本得以有效控制。